自动化钻井技术在复杂地层中的应用和挑战主要体现在以下几个方面：

应用：

1、提高钻井效率：自动化钻井技术可以实时监测和控制钻井过程，根据地层参数自动调整钻井参数，从而提高钻井效率。在复杂地层中，自动化钻井技术可以更好地应对地层变化，降低非生产时间。

2、降低事故风险：复杂地层往往伴随着高风险，如井漏、井塌、卡钻等。自动化钻井技术可以通过实时监测和预警系统，提前发现潜在风险，采取相应措施避免事故的发生。

3、提高数据采集和分析能力：自动化钻井技术可以实时采集大量钻井数据，并通过数据分析和建模，实现对复杂地层的快速识别和预测，为优化钻井过程提供依据。

4、减少人力需求和劳动强度：自动化钻井技术可以实现远程监控和操作，减少现场人员需求，降低劳动强度，提高作业安全性。

挑战：

1、技术复杂性：复杂地层条件下的自动化钻井技术要求高，需要具备传感器、控制系统和数据分析能力。此外，不同地层条件下的自动化钻井技术需要不断优化和调整，技术实现难度大。

2、数据质量和准确性：自动化钻井技术依赖于大量实时数据。在复杂地层中，数据质量和准确性直接影响到钻井过程的优化和控制。因此，需要提高传感器的可靠性和数据处理能力。

3、系统稳定性和可靠性：自动化钻井技术涉及多个子系统，如传感器、控制系统、通信系统等。在复杂地层中，这些子系统的稳定性和可靠性直接影响到钻井过程的安全和效率。

4、人才培养和知识传承：自动化钻井技术需要具备专门的知识和技能的人才。在复杂地层中，如何培养和传承相关知识和技术，提高行业整体素质和技术水平，是一个重要挑战。

总之，自动化钻井技术在复杂地层中的应用具有一定的挑战性，但通过技术创新和人才培养，可以逐步克服这些挑战，实现复杂地层的效率和安全钻井。